研究メモ

メモリを増やしてもダメだったので、ディスプレーのビデオメモリを256MBまで増やしたら開けた。

import matplotlib.pyplot しようとしたら出てきた。 環境 python2.7, Fedora 解決方法 yum install tkinter

就職か進学かで吐きそうなほど悩んでいる。 今まで進学するつもりでいたのだが、周りが就職活動を始めたことや、 既に学部で卒業して働きだした友人の近況をSNSや親伝いで知って、少し焦りを感じていた。 それに加えて、学会の予稿締め切り直前に解析のやり直しが必要になり、 研究室に缶詰めになって、少しまいってしまったのもある気がする。 今まで進学して研究するに値するほどの勉強をしてきただろうか。 両親もそろそろ定年。いつまで親のすねをかじっているのだろうか。 アカデミックに残るとして、私は不安定な生活に耐えられるのか。 就職するとして、3年後は博士卒で雇ってもらえるほど経済は安定しているのか。 研究の、自分で課題を見つけて、解決方法を考えて、解決して、発信するプロセスはとてもやりがいがあって、とても充実している。 修士で就職したら研究の世界に戻ってくることはきっと難しいだろう。 就職が決まった後に研究が今よりもっと楽しくなってしまったらどうしよう。 そんなことを考えながら夜な夜な就活サイトを漁る日々が続いている。 将来の研究を考えることも、就職を考えることもつらい。 学会の準備や年明けのセミナーの準備をしなくてはいけないと思い、進路の悩みを頭から追い出して勉強をするのだが、分からないことをネットで検索すると、ここぞとばかりに就活サイトのバナー広告が押し寄せてくる。 集中が途切れるのはもちろんのこと、「（インターンシップ）エントリー締め切りまで2日」は不安を煽ってくる。 【教訓】 とても精神的につらいので、就活サイトはプライベートモードで閲覧するべきだ。 就職か進学かで悩んでいる今ももちろんつらいが、きっと就職活動がうまくいかないときに見るのもつらいだろうなと思う。 精神衛生上よくないので、就活サイトは閲覧履歴の残らないプライベートモードで閲覧するべきだと思う。

NED 近傍銀河の画像検索、種々のパラメータ、観測波長調べなどに便利。 https://ned.ipac.caltech.edu/ ADS 論文検索するやつ https://ui.adsabs.harvard.edu/#classic-form Authorのところで人の名前の前に^を付けると、 その人が主著者の論文を調べることができる。 ex.「^Kennicutt」 Vox Charta 最新論文が集められているサイト。 最近の動向についていくために毎日チェックする。 パブリッシュされていない論文でも載ってしまうので注意。 MAST FITSデータをゲットするためによく使う。 HSTとかGALEXとか。 https://mast.stsci.edu/portal/Mashup/Clients/Mast/Portal.html?searchQuery=ngc4303 NRAOアーカイブ VLAのデータを落としてくるのによく使う。 https://archive.nrao.edu/archive/advquery.jsp SDSS DR13 http://skyserver.sdss.org/dr13/en/tools/chart/navi.aspx いつも検索ページになかなかたどり着けないのでメモ。 NED(というかcaltech.edu)はたまにサーバーがダウンしていることがあるのでその場合は数日待ちましょう。 Facebookで故障や復旧のお知らせをアップしてくれるので、チェックしてみてください。 ADSはたまに繋がらないことがあるのですが、世界のあっちこっちにミラーサイトがあるので別のを試してみると良いです。 NRAOはデータのダウンロードがftp経由なのだけれど、たまにリクエストしたデータがftpサーバーに届いていない(?)ことがあるので、そんなときはヘルプデスクに問い合わせてみると良いです。 割とすぐに対応してくれます。 まとめると、割と頻繁にサーバーが落ちているので、 データダウンロードは余裕をもって行った方が良いです。

python2.7 でNobeyama CO Atlas のcubeデータを積分強度図にしてfitsに書き出そうとしたら出てきたエラー。 I found this error message when I wanted to save moment0 map as fits data. error message ---------------------------------------    File "moment_map.py", line 116, in <module>     mom0_im.writeto(obj+'_mom0_CO.fits')   File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/astropy/utils/decorators.py", line 493, in wrapper     return function(*args, **kwargs)   File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/astropy/io/fits/hdu/hdulist.py", line 855, in writeto     self.verify(option=output_verify)   File "/usr/lib64/python2.7/site-packages/astropy/io/fits/verify.py", line 121, in verify     raise VerifyError('\n' + '\n'.join(messages)) astropy.io.fits.verify.VerifyError: Verification reported errors: HDU 0:     Card 13:         Card 'BSCALE' is not FITS standard (invalid value string: '1.00000000000e+00 /REAL = TAPE * BSCALE + BZERO').     Card 14:

lmstat -a これで確認できなかったら、 locate lmstat でlmstatコマンドのフルパスを確認して /usr/local/....(フルパス検索結果).../lmstat -a -aがだいじ。

pip install rebin scipy matplotlib しようとしたときに出てきたエラー。 エラーメッセージ(error message) （うまくいっていた部分のメッセージは省略）   Running setup.py install for subprocess32 ... error     Complete output from command /usr/bin/python -u -c "import setuptools, tokenize;__file__='/tmp/pip-build-YhEsh4/subprocess32/setup.py';exec(compile(getattr(tokenize, 'open', open)(__file__).read().replace('\r\n', '\n'), __file__, 'exec'))" install --record /tmp/pip-n2wVmC-record/install-record.txt --single-version-externally-managed --compile:     running install     running build     running build_py     creating build     creating build/lib.linux-x86_64-2.7     copying subprocess32.py -> build/lib.linux-x86_64-2.7     running build_ext     building '_posixsubprocess' extension     creating build/temp.linux-x86_64-2.7     gcc -pthread -fno-strict-aliasing -O2 -g -pipe -Wall -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-st

ネットワーク経由かインストールディスクを使ってインストールする。 ネット経由のインストール方法について。 1. harrisのアカウントを作る（無料） 2. 数日後にアカウント認可&ユーザーネームの連絡が来る 3. ログイン 3. http://www.harrisgeospatial.com/MyAccount/Downloads.aspx  からダウンロード。 （このページを見つけるのにいつも苦労する。） DVDからインストールする方法は こっち から。

ds9ホームページにfedora専用のパッケージがなくていつも焦るのでめも。 http://ds9.si.edu/archive/linux64/ から最新版をダウンロード。 su （root パスワード） cp ds9.linux64.*.*.tar.gz /usr/local/bin cd /usr/local/bin tar zxvf ds9.linux64.*.*.tar.gz おわり。

身体を気遣っている気になれる、野菜たっぷりカップ焼きそばの作り方。 用意するもの 超大盛りペヤングソース焼きそば（200円） キャベツコーンサラダ（袋入り98円） 研究室に常備しているソースがあるとなお良し。 作り方 かやくと一緒にサラダを突っ込んでお湯を入れて待つ。 後は普通にカップ焼きそばを作って、味が薄かったらソースを追加する。 超大盛りでないと器が小さくて、サラダが入り切らない。

Fedoraがログイン画面でループするたびに、いろいろな方法を試していて、もはや何が本当の 原因なのか分からないのですが、これまでに試した方法を随時追加していきます。 試すときは自己責任でお願いします。 主な症状 正しいパスワードを打っても、一瞬画面が暗くなって、またログイン画面に戻る。 間違ったパスワードを打つと怒られる。 sshでなら入れる。 試行錯誤 違うFedoraバージョンで起動 Fedoraのバージョンの更新直後に困ったときに試してうまくいった方法。 再起動して、ログイン画面が出る前のバージョン選択画面で古いバージョンを選択する。 たぶん原因は新バージョンのバグ。  Fedoraがログイン画面でループ 更に新しいバージョンが出たら新しいのを使う。 Fedoraがログイン画面でループ追記 .bashrcをきれいにする .bashrcを書き換えた後に起動したら、.bashrcを書き換えたユーザーだけログインできなくなったときにうまくいった方法。 rootユーザーでログインして、本当にログインしたいユーザーのホームへ行って、.bashrcの怪しいところをコメントアウトしたらうまくいった。 IDLがうまく動かなくて、.bashrcに適当に思いつく限りの重要そうなpathを書き込んでいたらこうなりました、気を付けてください。 Fedoraがログイン画面でループ追記の追記 別パソコンからsshでもできました。 GUIを変える 何もいじっていないのにループしたときに試した方法。 ログイン画面でパスワードを入れるときに出てくる設定ボタンから違うGUIを選択したらうまくいった。原因はよくわかんない。 Fedoraがログイン画面でループ追記の追記の追記

今まで手入力で参考文献を書いていて毎回発狂しそうになっていたので、最近Mendeleyを導入した。 参考文献を作り変えるたびにコンパイルの仕方をググる自分用のめも。 目的 \cite{AutherYear}だけ本文に記入すれば勝手に参考文献リストを作ってくれるようにする。 環境 Windows8, TeXworks, Mendeley 手順 1. Bibファイルを作る bibファイル：著者、出版年、タイトル、出版元などが記入されているファイル Mendeleyで[tools]-->[Options]-->[BibTex] Pathを編集しているtexファイルのあるディレクトリに設定して、他の設定（どこにある論文のリストを作るか、とか）も適当にして[OK] -->texファイルと同じところにbibファイルができるはず。 2. BSTファイルを置く BSTファイル：bibファイルから論文の参考文献に必要な情報を抜き出したり、並べたりするルールが書いてある。 BSTファイルを入手。(先輩が作ったやつをもらったり、インターネットから落として来たり。書くのは大変らしい。私はネットからAPJのを落としてきた。) texファイルと同じところに置く。   3. 文章作成 Mendeleyで引用したい論文のCitationKeyを確認（各論文のDetailsの真ん中へんにある、bibファイルをワードパッドなどで開いて確認するのもあり）。 TeXworksで文章に「\bibliographystyle{apj} （改行）\bibliography{my_paper}」を入れる。（私が使っているBSTファイルはapj.bst, Bibファイルはmy_paper.bib。） TeXworksで、本文に「\cite{CitationKey}」などを入れる。 texファイル保存 4. コンパイル コマンドプロンプトで「cd "\Users\Account\Dir"」と打ち、texファイルのあるディレクトリに移動。（Accountは自分のアカウント。Dirはtexファイルのあるディレクトリ。） コマンドプロンプトで「bibtex file_name」（file_nameは

状況： fedoraで pip2 install reproject しようとしたら出てきた yum install redhat-rpm-config は実行済み 解決策： yum -y install gcc gcc-c++ kernel-devel yum -y install python-devel libxslt-devel libffi-devel openssl-devel 上記の2行を実行。 なんかうまくいったけれど、よくわからないコマンドを実行するのは良くないので自己責任で（ここたいせつ）。

状況： pip2 install reproject　をしようとしたら出てきた 解決策： yum install redhat-rpm-config

pythonと比較できるようにIDLでfitsファイルを開く方法も書いときます。 状況 /home/sfr/ngc4303というディレクトリにあるngc4303-fd-int.fitsという名前のファイルをIDLで読み込みたい場合。 コード data_dir=/home/sfr/ngc4303　 fuv_img=mrdfits(data_dir+'ngc4303-fd-int.fits',0,fuv_hdr) ;fuv_imgが画像データ ;fuv_hdrがヘッダー

最近使い始めたpython。一年前は、fitsファイルの開き方が分からなくて挫折したのでメモしとく。 間違えているところ、もっと簡単なやり方などがあったらこっそり教えてください。 状況 /home/sfr/ngc4303というディレクトリにNGC4303を観測したspitzerとかCOとかのデータを突っ込んでいて、たくさんあるfitsファイルの中からGALEX FUV(*fd-int.fitsという名前のファイル、このディレクトリの中にはfd-int.fitsがつくファイルは1つだけという状況)のデータをpythonで読み込みたい場合。 コード import os as os 　#「as os」が必要なのかどうかは謎。-->いらない(2018/01/09) from glob import glob from astropy.io import fits import matplotlib.pyplot as plt #おまけで必要 from astropy.visualization import astropy_mpl_style #おまけで必要 data_dir=/home/sfr/ngc4303/　 fuv_path=os.path.join(data_dir,'*fd-int.fits') 　#「data_dir,'*fd-int.fits'」 の代わりに「'/home/sfr/ngc4303/*fd-int.fits'」とか「'/home/sfr/ngc4303/ngc4303-fd-int.fits'」(fitsファイルの名前がngc4303-fd-int.fitsの場合)にしてもいい。 　#天体によってコードの色んな所を書き換えなきゃいけないのがめんどくさいから、data_dirだけ書き換えればいいようにしています。 fuv_file=glob(fuv_path) fuv_file.sort() fuv=fits.open(fuv_file[0])　#赤字部分追記あり fuv_img=fuv[0].data　#こっちが画像 fuv_hdr=fuv[0].header　#こっちがヘッダー #追記20180822 #開きたいファイ

状況1 python2.7とpython3.6が共存しているパソコン。最近3.6をanacondaから入れた。 pip install rebin すると、もう入ってるよ！って言ってくるけど、python2.7でrebinを使おうとすると、そんなの入ってないよ！って言われる。 解決方法1 pip2 install rebin でpython2.7のパスが通ったところにrebinがインストールされる。 状況2 import rebinでrebinが使えない。 解決方法2 from rebin import rebin #idlの大学以外で計算できない欠点に加えて、astronの関数のバグに悩まされ、ついにpython使いになることを決意しました。

/usr/local/exelis/idl82/lib/hook/idlrtmain にパスが通っていなかった。 ----------------------------------------------------- connect IDL path to '/usr/local/exelis/idl82/lib/hook/idlrtmain'

近傍銀河で走らせるときに起きた。 赤方偏移0.0にすると10pcに天体があると思ってしまうから、実際の距離分補正をかけなくちゃいけない。 SFR[Msun/yr]=SFR(CIGALE)*(D_L[Mpc]/10)^2 らしい。 CIGALEのPIさんに聞いたから合っているはず。

VLAのアーカイブデータをダウンロードしようとすると、まずftpサーバーにデータが動かされて、そこにアクセスして落とさないといけない。 でも最近のVLAの観測データ(15B-***みたいなプロジェクト名になっているやつ)は、ftp サーバーにはあるのにftp接続中にmgetしてもなぜか No such file or directory になってしまう。 解決策 ターミナルで wget -mck --passive-ftp ftp://アカウント:パスワード@FTPサーバ/ディレクトリ 20170907追記 落とすときにzipファイルにしちゃう方が確実。

エラーメッセージ [***@localhost ~]$ ssh user@***.**.***.** @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ @    WARNING: REMOTE HOST IDENTIFICATION HAS CHANGED!     @ @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ IT IS POSSIBLE THAT SOMEONE IS DOING SOMETHING NASTY! Someone could be eavesdropping on you right now (man-in-the-middle attack)! It is also possible that a host key has just been changed. The fingerprint for the RSA key sent by the remote host is ************************************. Please contact your system administrator. Add correct host key in /home/***/.ssh/known_hosts to get rid of this message. Offending RSA key in /home/***/.ssh/known_hosts:2 RSA host key for ***.**.***.** has changed and you have requested strict checking. Host key verification failed. [***@localhost ~]$ 意味 ssh先のパスワードが前回接続したときから変わってる。 解決法 ホームディレクトリで ls -a すると.sshというディレクトリが現れるはずだから cd .ssh その中にあるknown_hostsを編集して、接続しようとしたアドレスで始まる一行を削除、保存。 もう一回接続してみる。

UPDATE 20180414: Finally I found the solution!!! FXADDPAR: Required NAXIS keyword not found #2 状況 img2=mrdfits('HRS114_250.fits',1,h2);s250 s25_t=img2[9.4:89.5,9.2:88.2] mwrfits,s25_t,'s25.fits',h2,/create end みたいなプログラムを流したら IDL> .r error.pro % Compiled module: $MAIN$. MRDFITS: Image array (99,99)  Type=Real*8 % FXADDPAR: Required NAXIS keyword not found % Execution halted at: CHK_AND_UPD       347 /usr/local/exelis/astron/pro/mwrfits.pro %                      MWR_IMAGE        1496 /usr/local/exelis/astron/pro/mwrfits.pro %                      MWRFITS          1675 /usr/local/exelis/astron/pro/mwrfits.pro %                      $MAIN$              3 /home/moe/5k-slaw/n4303/error.pro IDL> とエラーを吐いて止まった。 img2=mrdfits('hoge.fits',0,h2) みたいな、extn_no=0のときは動いたプログラムなのに…。 解決方法 ヘッダーガン無視でできるコードに書き換える。 むり。 更新 20180414: 解決できた！ FXADDPAR: Required NAXIS keyword not found #2

CIGALEとは Code Investigating GALaxy Emissionというソフトみたいなプログラムみたいなやつ。 各バンドのフラックスを入力すると銀河のSEDから星形成モデルを考慮して星系成立や星質量やら色んな物理量を計算してくれる。 インストール方法 CIGALEのページに書いてある通りに打ち込むだけ。 anacondaでpython3が使える環境を作ってCIGALEをインストール。 使い方 Cigale.magが入力ファイルで、 ---------------------------------------------------- ID redshift band1 band1_error band2 band2_error .... 天体1名前　赤方偏移　（バンド1フラックス(mJy)） （バンド1フラックスエラー(mJy)） .... 天体2名前　.... ---------------------------------------------------- みたいに作る。 あとはマニュアルに書いてある通りにする。 空間分解しない物理量を知りたいときはフラックスは銀河全体で測る。 空間分解するときは、天体名を入れるところをpix1, pix2, ... にして、フラックスはピクセルごとのフラックスを入れる。

何もいじってないのにループ。 違うバージョンで立ち上げてもだめ。 .bashrcもいじってない。 ログイン画面の設定で違うGUIに変えてログインしたら入れた。 普通のより重いけど。 Fedoraのログイン画面のループは閲覧数が多くて、同じことで悩んでいる人が多いんだなと少し安心しました。 Fedoraループの記事がとっちらかってきたのでまとめました。 Fedoraがログイン画面でループ【まとめ】

.bashrcを書き換えた後にマシンが落ちて、起動したら.bashrcをいじったユーザーだけループ。 rootユーザーでは入れたからrootでループするユーザーのホームまで行って.bashrcの書き換えたところをコメントアウトしたらろグイン画面のループから出られた。 バージョンによるループと.bashrcによるループがあるのかしら。 こちらもチェック Fedoraがログイン画面でループ【まとめ】

  Fedoraがログイン画面でループ の追記です。 アップデートをしたら直りました。

症状 SFRが1桁小さい。 状況 congrid後の画像を使用。 解決方法 congridした画像の値に1pixel(new)がpixel(old)いくつぶんかをかける。    

症状 0になっちゃいけないところで0になる。 解決方法 数字に.をつける。 10^5→10.^5 みたいな。

症状 mrdfitsでエラーが出る。 状況 msk=mrdfits('n4303_msk.fits',1,h) 解決策 msk=mrdfits('n4303_msk.fits',0,h) 1→0にした。

症状 idlでconvolができない。 解決策 convolutionしたい画像の大きさがだめ。 cmgc(*,*)=convol(image1,image2,/edge_truncate,/nan) だったらimage1>image2になるように直す。 This problem occurs when the size of image2 is larger than image1. You need to make image2 smaller than image1.

症状 idlでforループがうまく回らない。 解決策 50個しか空きの無いところに、500個のデータをループで突っ込もうとしてた。

症状 IDLのmrdfitsをしたいときのエラー 状況 image=mrdfits('image.fits',1,h) 解決策 1→0に変えたらエラーが出なくなって、fits読み込めた。 追記 fitsは階層構造になっていて、0にimageが入っていたり、空だったり、1にimageが入っていたり、 2にrmsマップが入っていたり云々するみたい。 読み込む階層を指定してるらしい。

vboxの共有フォルダ設定で共有したいフォルダを設定する。 自動マウントと永続化を選択するとOKが押せないときは、 自動マウントだけ選択してOKして、後で永続化を選択する。 /mntに共有するフォルダのディレクトリを作る。 作ったディレクトリに移動して、 sudo mount -t vboxsf [filename] /mnt/[filename] 権限がありません。↓ sudo gpasswd -a [username] vboxsf

症状 何をどうがんばってもguest additionをインストールできない。 エラーメッセージ @ターミナル Verifying archive integrity... All good.　(絶好調だぜ！) Uncompressing VirtualBox 5.1.22 Guest Additions for Linux........... VirtualBox Guest Additions installer Removing installed version 5.1.22 of VirtualBox Guest Additions... Copying additional installer modules ... Installing additional modules ... vboxadd.sh: Starting the VirtualBox Guest Additions. 　(ここまでは順調！) Failed to set up service vboxadd, please check the log file /var/log/VBoxGuestAdditions.log for details.　(失敗したぜ！ログファイルを見てくれ！) Press Return to close this window...　(もう無理！ばいばい！） @/var/log/VBoxGuestAdditions.log（ログファイル） Created symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/vboxadd.service → /usr/lib/systemd/system/vboxadd.service. vboxadd.sh: failed: Look at /var/log/vboxadd-install.log to find out what went wrong. vboxadd.sh: failed: Look at /var/log/vboxadd-install.log to find out what went wrong. vboxadd.sh: failed: modprobe vboxguest failed. Cre

症状 vietualboxのguest addition CDのプログラム実行でこける。 状況 virtualboxのアップデート後、guest addition cdを実行したい。 ホスト：win8 ゲスト；fedora ファイルからプログラムを実行。 エラーの原因はここを見ろってところに、 unable to find the sources of your current Linux kernel ってあった。 調べていろいろyum installしたり、.bashrcを変えたりしたけど直らない。 解決策 コマンドラインからプログラムを実行する。

症状 fedoraをwindows8の入ったノートパソコンにデュアルブートしたいのにできない。 状況 ノートパソコンでfedoraを使いたい。 windows8.1の入ったlet's noteにdvdからfedoraをデュアルブートしたい。 BIOSはいじったのにうまくいかない。 解決策 windows8.1の入っているパソコンにデュアルブートできるのはubuntuだけらしい。 BIOSが他のと違うみたい。 fedoraは対応していないから無理。 仮想マシンでfedoraを入れる。

症状 aipsが起動しない。 状況 enjoyって言われたのにdata areaがなんちゃらで起動できない。 解決策 インストール手順のLOCALHOST_1は変えない。 LOCALHOST_1を自分の名前とかにするとだめ。

症状 Fedoraがログイン画面でループする。 状況 正しいパスワードを打っても一瞬画面が暗くなって、またログイン画面に戻る。 間違えたパスワードを打つと違うって怒られる。 sshでなら入れる。 解決策 再起動して、ログイン画面が出る前のバージョン選択画面で古いバージョンを選択する。 選択に時間制限があるからのんびりしているとループにはまる。 別記事に追記あります！！ Fedoraがログイン画面でループ【まとめ】

症状 NOSTARをittじゃなくてexelisで使いたいんだけどうまく動かない。 I saw this error message when I wanted to use NOSTAR with exelis. 状況 ライセンスなしittを使ってたけれど、さっきライセンスありexelisに乗り換えた。 .bashrc とnostar実行ファイルのittをexelisに置換はした。 nostarって打つと Attempt to call undefined procedure/function: 'IDLRTMAIN'. って怒られる。 解決策 nostarインストールのページの、IDLライセンスをお持ちの場合に従って、otf-proを入れる。 実行ファイルのotf_start_cmdも書いてある通りにする。 こっちのほうが参考になるかも。 I reccomend this article ↓↓ 2017/05/31_Attempt to call undefined procedure/function: 'IDLRTMAIN'.